北京四合院要想改变，就要改变历史和城市发展的需要，把传统四合院街区进行更新。而四合院的保护和有机更新问题，近10年一直争论不断，这种争论，是在1990年代中后期的大规模拆除胡同四合院而代之以现代单元楼房的危旧房屋改造的反思开始的。

        毋庸置疑，以拆除大量胡同四合院为代价的危旧房改造是错误的。这样做尽管改善了部分北京市民的住房条件，却使北京这座历史文化名城的历史风貌和传统文化遭到了巨大破坏。危旧房改叫停之后，在如何解决北京旧城保护的问题上，一些人又从一个极端跳到了另一个极端——主张死保。死保的主张就是凡是老的，都是好的，都不能动。不仅有价值的老房子不能动（这是对的，但不能不修），那些墙体、屋面，甚至屋架都已经改动得面目全非，既没有文物价值和艺术价值，也丧失了使用价值的破房子也不能动，甚至还爱屋及乌，连充斥其中的地震以后盖的红砖房和老百姓私搭乱建的违章建筑也不能动，一动就是破坏风貌、破坏文化。一些媒体也不分青红皂白，推波助澜，一时间吵得沸沸扬扬。使得市区两级政府莫衷一是，束手无策，无所作为。而合理的、正确的住张反而得不到实施。将近２０年时间，北京在历史文化区保护和更新方面一直停滞不前，矛盾越积越多。

        在此期间，一些人为了推进胡同四合院的保护改造，提出了小规模微循环和拔牙镶牙的折衷主张，试图用这种办法来推进四合院的保护更新，但最终因为解决不了基础设施改造等重大问题而成效甚微。